BAC clone browserによるBACクローンの検索
- BACブラウザーを用いることで、遺伝子の gene symbol をキーワードとしてBACクローンを検索し、ゲノム領域上のBACクローンの位置を確認することが可能です。
マウス(C57BL/6N、MSM/Ms系統)こちら
ラット(F344/Stm、LE/Stm系統)こちら
ニホンザル(M.fuscata)こちら
- 提供依頼について
- クローンのご依頼には、染色体マップの「BAC end」欄に表示されるクローンIDをお知らせください。
- BACクローンライブラリー毎の提供案内は、下記リンク先をご覧ください。
C57BL/6NマウスBACクローンの提供案内はこちら
MSM/MsマウスBACクローンの提供案内はこちら
ラットBACクローンの提供案内はこちら
ニホンザルエBACクローンの提供案内はこちら
検索の方法
- 1. BAC clone browser のsearch欄(図1 赤枠内)を「Ncbi symbol」に設定し、目的遺伝子の gene symbol を検索します。
(図1 マウスBACブラウザー)
- 2. 検索結果は、遺伝子の一覧として表示されます。染色体情報やアクセッション情報をもとに目的遺伝子の「jump to map」リンクをクリックすることで、染色体マップが表示されます。
(図2 検索結果)
- 3. 染色体マップでは、ゲノムの付随情報が表示されます。目的遺伝子は、「NCBI」欄にオレンジ色で表示されます(図3A)。 「BAC end」欄には、BACクローン情報が青ライン(例:図3B クローンID B6Ng01-280P15)、ならびに赤ライン(例:図3BクローンID B6Ng01-240E03 )で表されます。 クローンIDをクリックするとBAC末端配列情報が表示されます。
- ※各BACクローンの青ラインは、両末端とも染色体上の位置が決定されているクローンです(図3B 黄色三角
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(図3 マウスBACブラウザー)
(GRP0002j 2014.10.29 N.N.)
2015.07.28